در راستای ارتقای کیفیت خدمات درمانی، بهبود کارایی نظام سلامت و توسعه دانش مبتنی بر شواهد، اولویت‌های پژوهشی بیمارستان پاستور به شرح زیر تعیین می‌گردد:

1.     تبیین و تدوین الگوی استاندارد درمان با بهره‌گیری از نتایج پژوهش‌های انجام‌شده و شواهد علمی معتبر، به‌منظور یکپارچه‌سازی روندهای درمانی و ارتقای کیفیت مراقبت از بیماران.

2.     بررسی و ارزیابی اثربخشی درمان‌های پرهزینه با هدف بهینه‌سازی هزینه‌ها و افزایش کارآمدی مداخلات درمانی.

3.     مدیریت بهینه منابع انسانی و تجهیزاتی در چارچوب گایدلاین‌ها و استانداردهای علمی بین‌المللی معتبر.

4.     پژوهش در زمینه بهره‌وری داروهای پرمصرف با تمرکز بر کارایی، ایمنی و صرفه‌جویی اقتصادی در مصرف دارویی.

5.     مطالعه و پیشگیری از عفونت‌های بیمارستانی و طراحی راهکارهای علمی جهت کنترل و کاهش بروز این عفونت‌ها.

6.     مدل‌سازی عوامل مؤثر بر پیشگیری از ابتلا به بیماری‌های مزمن با تأکید بر اصلاح شیوه زندگی و مداخلات رفتاری.

7.     اصلاح و بهبود نظام ثبت بیماری‌ها و مرگ‌ومیر با تمرکز بر دقت داده‌ها و توجه ویژه به بیماری‌های غیرواگیر.

8.     بررسی عوامل مرتبط با سلامت جسمی و روانی کارکنان بیمارستان و تحلیل تأثیر آن بر عملکرد فردی و شاخص‌های سازمانی.

9.     بهینه‌سازی اقتصاد درمان از طریق شناسایی و حذف آزمایش‌ها و اقدامات تشخیصی غیرضروری و تکراری.

10. پژوهش در حوزه اقتصاد سلامت به‌ منظور ارتقای بهره‌وری، کاهش هزینه‌ها و افزایش عدالت در ارائه خدمات درمانی.